Cette aventure commence avec un héros en pleine crise familiale. La vie paisible de Link sur son île minuscule est brisée le jour fatidique où sa soeur bien-aimée est enlevée par un énorme oiseau. Évidemment, notre héros qui ne quitte jamais son épée et son bouclier se lance à sa poursuite. Ses recherches l'entraînent dans une aventure épique à travers des terres étranges et des hautes mers. Link recherche des indices qui lui permettront de retrouver sa soeur.