Ce jeu est en réalité une version adaptée du moteur de ISS Pro Evolution (qui correspond à la branche Winning Eleven 4 au Japon, développé par KCET), mais "reformaté" à la sauce J-League par l'équipe d'Osaka (KCEO). Konami a réutilisé le nom Perfect Striker (qui cartonnait sur N64) sur la PlayStation pour capitaliser sur la marque, créant une confusion totale entre les versions d'une même année d'une console à l'autre. À la fin des années 90, la PlayStation était le terrain de jeu sacré de l'équipe de Tokyo (KCET) avec la folie des **ISS Pro**. Quand l'équipe d'Osaka (KCEO) a débarqué sur PlayStation avec ce **Jikkyou J.League 1999 Perfect Striker**, elle utilisait une base similaire, mais la branche européenne de Konami n'a jamais vu l'intérêt de le localiser. Pour le public occidental, l'équivalent parfait était déjà dans les bacs avec ISS Pro Evolution.
Sous le capot, le code, la physique de balle, les animations et l'inertie des joueurs proviennent directement de Winning Eleven 4 (notre ISS Pro Evolution). C'est l'équipe de Tokyo (KCET) qui a fourni le moteur. L'équipe d'Osaka (KCEO, les papas des ISS classiques) n'a fait qu'y ajouter sa "sauce" cosmétique (les menus, l'ambiance sonore ultra-dynamique, le mode Success et la licence J-League). C'est une véritable anomalie historique : le seul moment où la branche ISS "Arcade" (Osaka) a dû s'incliner et utiliser le moteur de la branche ISS Pro "Simulation" (Tokyo) pour pouvoir sortir un jeu à temps sur PlayStation.
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