Comme son prédécesseur, Super Mario Maker 2 est un jeu de plates-formes à défilement horizontal qui permet au joueur de créer ses propres niveaux (appelés « stages » dans la version européenne du jeu) de Mario à l'aide d'un éditeur et ensuite d'y jouer. Le jeu propose plusieurs nouveautés, telles que l'ajout du Mario chat du jeu Super Mario 3D World, permettant notamment de grimper aux murs. Il propose en outre le style de Super Mario 3D World en plus des styles de Super Mario Bros., Super Mario Bros. 3, Super Mario World et New Super Mario Bros. U déjà présents dans l'opus précédent.