L'histoire prend la suite directe des événements décrits dans le Persona 4 Arena original. Alors que nos héros recherchent la force mystérieuse qui a tout déclenché, le Midnight Channel recommence à diffuser des images dans la ville d'Inaba. Maintenant que tout se déroule dans le monde réel, le CLIMAX DE P-1 est sur le point d'être dévoilé !