Il y a de nombreux modes de jeu différents dans Mario Golf, dont une large variété de mini-jeux conçus pour mettre à l'épreuve les pros du swing les plus doués. Grâce au câble Game Link, deux joueurs peuvent se lancer dans la création du golfeur le plus puissant.

Depuis que Mario a sauvé Princess Peach dans Super Mario 64, on peut dire qu'il a plutôt bien occupé son temps libre. Bowser s'est tenu tranquille, et Mario et ses amis ont donc décidé d'aller faire un tour au golf. Mario Golf 64 met en vedette une superbe distribution de 16 stars du golf qui font tous partie des personnages vidéo les plus célèbre de Nintendo, avec des interprêtations de Mario, Luigi et Princess Peach. Chaque golfer possède des caractéristiques de force et de faiblesse qui lui sont propres. Alors même si le petit Baby Mario n'est pas un as du putt, il peut tout de même réussir des tirs beaucoup plus droits que ceux de Donkey Kong, qui lui par contre, a la main un peu lourde.