Rien de tout cela ne serait arrivé sans les folles inventions de Lucca, une amie d'enfance passionnée par les machines. Suite à une erreur de téléportation lors d'une foire, votre camarade Marle est projetée dans le passé. Cet évènement marque le point de départ d'une série de péripéties qui bouleverseront le continuum espace-temps. De nombreux alliés rejoindront Crono au fil de ses aventures pour tenter de restaurer l'équilibre du monde.