L'intrigue du jeu suit la quête d'un chevalier insectoïde devant pénétrer les tréfonds du royaume d'Hallownest et y éradiquer l'entité maléfique qui y a été emprisonnée en des temps immémoriaux au sein du Hollow Knight éponyme (« chevalier creux » ou « chevalier vide »). L'influence maligne de l'antagoniste se ressent à nouveau dans une infection qui ronge le royaume et contamine peu à peu la plupart des insectes autochtones. Au terme de son voyage, le chevalier comprend qu'il n'est qu'un rouage du mécanisme retenant le fléau prisonnier, et qu'un sacrifice lui sera peut-être nécessaire pour mettre fin à l'infection.