Bowser enlève Peach pour se marier avec elle. Mario rencontre une créature ressemblant à un chapeau, un Chapiforme, portant le nom de Cappy. Bowser a aussi enlevé sa sœur, Tiara. Mario et Cappy récupèrent un vaisseau abandonné, l'Odyssée, et voyagent de pays en pays à la poursuite de Bowser. Dans la majorité des mondes, ils doivent combattre les Broodals, une bande de lapins anthropomorphiques organisateurs de mariage qui essaie de les empêcher de rattraper Bowser et d'arrêter le mariage.