Shovel Knight raconte l'histoire de Shovel Knight, un petit chevalier combattant avec une pelle, comme son nom l'indique. Dans le passé, ce dernier explorait en compagnie de Shield Knight, dont l'arme de prédilection est un grand bouclier. Après la disparition de sa partenaire dans la Tour du Destin, le chevalier à la pelle prend retraite de sa vie d'aventurier. En son absence, une sorcière nommée l'Enchanteresse a fait son apparition et a corrompu tous les nobles de la région qui ont rejoint son "Ordre des Sans-Quartiers". Shovel Knight repart alors à l'aventure en direction de la Tour du Destin pour sauver son ancienne partenaire (et bien-aimée) Shield Knight et libérer le royaume de l'influence néfaste de l'Enchanteresse. Au cours de son périple, le chevalier à la pelle devra explorer différents donjons et combattre des vagues d'ennemis commandés par les chevaliers de "l'Ordre des Sans-Quartiers" : King Knight, Specter Knight, Plague Knight, Treasure Knight, Mole Knight, Polar Knight, Tinker Knight et Propeller Knight. Shovel Knight doit également renouer avec son ancien rival Black Knight qui cherche à protéger l'Enchanteresse, bien qu'il clame haut et fort ne pas être à son service.