Les maîtres du Portail voyagent jusqu'aux mystérieuses Cloudbreak Islands, où un volcan magique entre en éruption une fois par siècle. Au milieu d'un immense combat, plusieurs Skylanders se retrouvent piégés par l'éruption, qui les sépare. La magie du volcan leur accorde néanmoins à chacun un nouveau super-pouvoir, leur permettant de combiner de façon incroyable les moitiés de leur corps. Rassemblés dans la SWAP Force, nos héros doivent retourner sur l'île de Cloudbreak et déjouer le dernier plan maléfique de Kaos pour sauver une fois encore les Skylands.