Jason démarre une nouvelle vie dans un coin tranquille. Quand un jour une étrangère vient chez lui pour demander de l'aide .Un institut de recherche secret, caché en sous-sol dans une forêt éloignée a créée une nouvelle forme de vie. En fait ce mutant a été constitué à partir de celui que Jason avait détruit (voir précédent jeux de la série). Il va donc falloir réactiver une nouvelle fois le SOPHIA pour sauver la planète de cette nouvelle menace !