Huit ans après avoir vaincu Andross, l'équipe Star Fox est envoyée sur la planète Sauria afin de renverser un tyran qui y fait régner la terreur. Krystal, une jeune renarde, entre dans un temple sacré suite à un appel de détresse et libère un des esprits Krazoas protecteurs de la planète mais qui, pour une raison inconnue, se retrouve piégée dans un cristal au sommet du temple. Fox, envoyé seul sur le terrain, devra réunir les quatre pierres élémentaires et libérer tous les esprits Krazoas pour sauver Krystal et empêcher la destruction de la planète, et, à échéance, celle du système tout entier.