International Superstar Soccer 99 sur Gameboy est un jeu de foot offrant quatre modes de jeu. Le mode Exhibition pour jouer un seul match, un mode permettant de jouer seulement des séquences de tirs au but, et un mode 2 joueurs par câble link. Enfin, le mode Coupe Internationale, vous permet de participer à une sorte de championnat avec les 32 équipes qui ont participé à la dernière coupe du monde.