Quand Mario arrive sur l'île Delfino, autrefois qualifiée de joyau des mers du sud, il ne découvre qu'une île souillée par la pollution et couverte de graffitis. Le pire, c'est qu'il est jugé responsable de ces dégradation ! Au lieu de profiter pleinement de ses vacances bien méritées, Mario doit à présent tenter de rendre son éclat à l'île et de découvrir le vrai coupable.