Le scénario change de l'originale sortie sur famicom au japon , il a été modifié pour le marché américain.

Le jeu original japonais met en scène Kane Gardner, pilote du char de combat futuriste Metal Attacker, qui atterrit sur la planète Sophia 3 pour stopper l'invasion de l'empereur Goez.

Dans Blaster Master, le joueur contrôle Jason Frudnick, un adolescent qui tombe dans une caverne souterraine en tentant de rattraper Fred, sa grenouille, qui s'est échappée et est entrée en contact avec des produits radioactifs ; exposée à des radiations, elle mute et s'enfuit sous la terre. Il y découvre alors un tank, le SOPHIA 3 (Subatomic Omni-directional Probative Hyper-responsive Indomitable Abdicator, 3rd design Nora MA-01). En explorant le monde souterrain à bord de ce véhicule, il découvre que des créatures préparent l'invasion de la surface.