Le jeu s'ouvre sur la Bataille de Géonosis opposant l'armée de la République à la Confédération des Systèmes Indépendants, et se poursuit sur plusieurs batailles opposant ces deux factions. Le joueur incarne tour à tour Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi et Mace Windu, qui doivent empêcher le Comte Dooku de s'emparer d'une antique arme de guerre Sith.