Link s'échoue sur la mystérieuse île Cocolint. Pour pouvoir retrouver la douceur de son foyer, il devra affronter un nouvel ennemi issu de ses pires cauchemars et résoudre l'énigme du Poisson-Rêve. Au cours de sa quête à la recherche des huit Instruments des Sirènes, Link sera amené à collectionner des objets légendaires tels que les Bottes de Pégase ou le grappin, à traverser des donjons aux pièges innombrables et à vaincre des boss terrifiants.