La manette de la GameCube fut dessinée par Shigeru Miyamoto dans l'esprit de la rendre attractive par le plus grand nombre. Sa principale innovation était le fait que chaque bouton présentait une forme différente de manière à ce que le joueur puisse les reconnaître juste en les touchant, sans les regarder.
La manette GameCube possède 2 sticks analogiques (gris et C), 1 bouton d'action principal (A) et 3 secondaires (B, X et Y), 2 gâchettes analogiques (L et R), un bouton subsidiaire placé au-dessus de la gâchette R (Z) et la traditionnelle croix directionnelle, inventée par Nintendo, ainsi que le bouton start.